Sau năm 1954, huyện Giao Thủy có 27 xã: Giao An, Giao Bình, Giao Châu, Giao Hà, Giao Hải, Giao Hiếu, Giao Hòa, Giao Hoan, Giao Hoành, Giao Hồng, Giao Hùng, Giao Hương, Giao Lạc, Giao Lâm, Giao Long, Giao Minh, Giao Nhân, Giao Phong, Giao Sơn, Giao Tân, Giao Thắng, Giao Thanh, Giao Thiện, Giao Thuận, Giao Tiến, Giao Xuân, Giao Yến.

Ngày ngày 6 tháng 8 năm 1966, thành lập xã mới Bạch Long trên cơ sở đất mới khai phá, cắt thôn Đan Hải thuộc xã Giao Yến về xã Bạch Long quản lý.

Ngày ngày 28 tháng 3 năm 1969, hợp nhất xã Giao Hòa và xã Giao Bình thành một xã lấy tên là xã Bình Hòa; hợp nhất xã Giao Hoan và xã Giao Hiếu thành một xã lấy tên là xã Giao Thịnh; hợp nhất ba xã Giao Hùng, Giao Tiến, Giao Thắng thành một xã lấy tên xã Giao Tiến.

Ngày ngày 21 tháng 8 năm 1971, hợp nhất xã Giao Hoành và xã Giao Sơn thành một xã lấy tên là xã Hoành Sơn.

Năm 1973, giải thể xã Giao Minh để sáp nhập vào xã Giao Châu và xã Giao Tân; hợp nhất xã Giao Hồng và Giao Thuận thành một xã lấy tên là xã Hồng Thuận.

Ngày ngày 1 tháng 4 năm 1986, thành lập thị trấn Ngô Đồng - thị trấn huyện lỵ huyện Giao Thủy - trên cơ sở 141,25 ha diện tích tự nhiên của xã Bình Hòa; 72,46 ha diện tích tự nhiên của xã Hoành Sơn thuộc huyện Giao Thủy và 2,02 ha diện tích tự nhiên của xã Xuân Phú thuộc huyện Xuân Trường.

Năm 1966, huyện Giao Thủy cùng với huyện Xuân Trường hợp nhất thành huyện Xuân Thủy, tới năm 1997 thì tách thành hai huyện riêng biệt. Huyện Giao Thủy khi đó gồm có 1 thị trấn Ngô Đồng và 21 xã: Bạch Long, Bình Hòa, Giao An, Giao Châu, Giao Hà, Giao Hải, Giao Hương, Giao Lạc, Giao Lâm, Giao Long, Giao Nhân, Giao Phong, Giao Tân, Giao Thanh, Giao Thiện, Giao Thịnh, Giao Tiến, Giao Xuân, Giao Yến, Hoàng Sơn, Hồng Thuận.

Ngày ngày 26 tháng 3 năm 1998, Chính phủ ra nghị định số 19/1998/NĐ-CP[4] thành lập xã Giao Hưng (đây là xã mới thành lập do đề án lấn biển của Tỉnh). Ngày ngày 31 tháng 3 năm 2006 ra nghị định số 33/2006/NĐ-CP[5] bãi bỏ nghị định số 19/1998/NĐ-CP năm 1998.

Ngày ngày 14 tháng 11 năm 2003, chuyển xã Giao Lâm thành thị trấn Quất Lâm.

Từ đó, huyện có 2 thị trấn và 20 xã như hiện nay.